影響咖啡因含量高低的因素，如咖啡豆種類、浸泡時間、研磨粗細程度、沖煮方式、水溫高低、萃取時間…等。咖啡因對身體有些許影響，也因此造成低咖啡因咖啡的流行。
低咖啡因咖啡是指咖啡在烘焙前，先經過特殊處理除去96%~98%的咖啡因，一杯咖啡所含的咖啡因含量約為5%，一般而言，去除咖啡因的方式有三種：
一、溶劑萃取法
- 直接萃取法：
咖啡豆先經過軟化處理，再以高溫、高壓蒸氣加熱使豆表膨脹、增加接觸面積，之後倒入二氯甲烷（CH3CI）溶劑，讓豆子與溶劑接觸萃取出咖啡因。
此法是以二氯甲烷吸附豆表溶解咖啡因，但較不亦影響咖啡豆風味。 - 間接萃取法：
豆子先經過軟化處理，接著倒入溫水中，豆子的咖啡因會與其他成分溶入溫水，此時溶液成為咖啡精華液，再將咖啡精華液導入另一個容器加入二氯甲烷，經過加熱咖啡因會隨著萃取溶液蒸發。最後再將不含咖啡因的精華液導入溫水萃取的咖啡豆，讓咖啡豆重新吸收流失的成分。
此法採間接萃取，但較容易失去咖啡風味。
二、瑞士水處理法
- 咖啡豆先泡入溫水，待咖啡因與其他成分溶入水中後，以活性碳過濾精華液的咖啡因，接著再將不含咖啡因的精華液引回先前的咖啡豆中，讓咖啡豆重新吸收流失的成分。
- 此方式強調不使用任何化學溶劑萃取咖啡因，也成為健康飲食者的選擇；雖然未用化學溶劑萃取，但咖啡的部分成分也被活性碳過濾了，導致咖啡流失些許風味，不僅如此，此方法生產的低咖啡因咖啡價格也較為昂貴。
三、二氧化碳高壓萃取法
- 烘焙咖啡豆時會產生大量二氧化碳（CO2），此時將二氧化碳經高壓處理成為液態後，再倒入處理過的咖啡豆便可去除咖啡因，接著將壓力釋放使二氧化碳轉化為氣體揮發。
- 此方式去除咖啡因不會造成咖啡豆損傷、色澤也不會改變、也不容易萃取咖啡因以外的物質，可保留咖啡豆原有風味，但因需要特殊的高壓環境才能完成，需鉅額投資設備，因此此方式萃取的低咖啡因咖啡較少於市面上見到。
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